Продолжается противостояние мутантов черепашек и коварных злодеев. Друзьям, Лео, Майки, Рафу и Донни под руководством своего учителя, непревзойденного мастера боевых искусств Сплинтера, предстоит постигнуть в совершенстве искусство загадочных воинов-шпионов средневековой Японии ниндзя - ниндзюцу. У коварного мастера Шредера, и у мерзкого инопланетника Крэга с его сворой сверхсильных чудовищ, нет ни малейшего шанса в сражении с черепашками-ниндзя. А пока друзья тренируются, лопают пиццу и просто дурачатся.